冒险模式是奇迹军团虫3中的基础模式，玩家通过扮演具有特别能力的虫子，跨越各种地图，解决路途中遇到的各种谜题和挑战。在这一模式中，玩家能够体验到游戏的基本操作和玩法，同时也是了解游戏背景故事的主要途径。各种关卡设计巧妙、挑战性十足，能够激发玩家的探索欲和解决问题的能力。
竞技模式是针对寻求刺激、喜欢与人竞争的玩家设计的。在这一模式下，玩家可以与来自全球的对手进行匹配，展开一场场激烈的竞技对抗。通过不断的胜利，玩家可以提升自己的排名，赢得丰厚的奖励和荣誉。此模式考验玩家反应速度、策略部署以及对角色技能的熟练掌握。
生存挑战模式是一种极富挑战性的游戏模式。玩家不得不面对源源不断的敌人，挑战自己的极限。随着时间的推移，敌人会变得越来越强大，场景也会随之变化，增加了游戏的不确定性和趣味性。生存挑战模式是检验玩家操作技巧和战术运用的绝佳场合。
团队合作模式强调的是玩家之间的协同作战。在这个模式中，玩家需要与其他玩家组建一个队伍，共同面对各种挑战，无论是通关某个难度较大的关卡，还是与强大的Boss进行战斗。这种模式不仅考验个人实力，更考验团队协作和策略布局。
创意沙盒模式是奇迹军团虫3独树一帜的游戏模式。在这个模式下，玩家可以自由发挥，创建属于自己的关卡和挑战。这不仅能够提供一个发挥创造力的平台，也让玩家能够深入体验游戏制作的乐趣。玩家还可以分享自己设计的关卡，与全世界的玩家一起享受创意的乐趣。
虽不属于游戏模式，但奇迹军团虫3中独特的个性化成长系统也是游戏魅力的一大体现。玩家可以通过在各种模式中的表现，为自己的角色升级、解锁新的技能，甚至是自定义角色的外观。这种成长体系让每个玩家的游戏体验都是独一无二的，极大地增加了游戏的可玩性和长期吸引力。
